โรคฉี่หนู เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรียที่มีรูปร่างคล้ายเกลียวสว่าน เชื้อเหล่านี้สามารถอาศัยอยู่กับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหลายชนิดโดยเฉพาะพวกสัตว์ฟันแทะ เช่น หนู

ไม่เพียงแต่สัตว์ฟันแทะ สัตว์อื่น เช่น วัว ควาย และหมู ก็เป็นแหล่งเก็บเชื้อได้เช่นกัน นอกจากนี้ เชื้อสามารถอยู่ในสิ่งแวดล้อม ดิน โคลน แอ่งน้ำ ร่องน้ำ น้ำตก แม่น้ำลำคลอง เป็นต้น และอยู่ได้นานเป็นเดือน ถ้าปัจจัยแวดล้อมเหมาะสม ในธรรมชาติจะพบเชื้อในน้ำ ดินหรือทรายที่เปียกชื้น หรืออาหารที่ปนเปื้อนปัสสาวะของสัตว์ที่มีเชื้อ ผู้ป่วยมักจะมีประวัติการย่ำน้ำแฉะๆ ในบริเวณที่มีสัตว์ที่เป็นพาหะของโรคอยู่ก่อน เช่นในไร่นา ในตลาดสดที่มีหนู เป็นต้น 

โรคนี้พบมากในฤดูฝน เชื้อโรคจะเข้าสู่ร่างกายของผู้ป่วยโดยเข้าไปทางรอยแตกหรือแผลเล็ก ๆ บนผิวหนัง ผิวหนังที่เปื่อยเนื่องจากแช่อยู่ในน้ำนาน ๆ และเยื่อบุที่อ่อนนุ่ม เช่น ตา จมูก ปาก เมื่อเชื้อเข้าสู่ร่างกาย จะใช้เวลาฟักตัวประมาณ 5ถึง 14วัน แต่โดยเฉลี่ยจะใช้เวลาประมาณ 10วัน ผู้ป่วยจะมีไข้สูง 38 C-40 C หนาวสั่น ปวดศีรษะ ปวดเมื่อยตามตัว ปวดน่อง ตาแดง ปวดท้อง เบื่ออาหาร คลื่นไส้ อาเจียน ร้อยละ 90ของผู้ป่วยอาจจะมีอาการดีขึ้นได้เอง

เนื่องจากเชื้อสามารถกระจายไปทั่วร่างกาย จึงมีภาวะแทรกซ้อนได้หลากหลายมาก ที่พบบ่อยและสำคัญคือภาวะไตวาย การทำงานของตับล้มเหลว ปอดอักเสบและมีเลือดออกในปอด ผู้ป่วยที่มีภาวะไตวาย จะไม่สามารถขับถ่ายของเสียออกจากร่างกายได้เป็นผลให้ระบบการทำงานของอวัยวะอื่นล้มเหลวตามมา ความผิดปกติของการทำงานของตับ แสดงให้เห็นได้โดยการที่ผู้ป่วยมีอาการตาเหลือง การอักเสบที่ปอด ทำให้ระบบการหายใจล้มเหลว และอาจมีอาการไอเป็นเลือด

ถ้าเป็นรุนแรงจะทำให้เสียชีวิตได้ ถ้าผู้ป่วยมาพบแพทย์เร็ว การให้ยาเพนิซิลลินหรือด๊อกซี่ซัยคลิน จะช่วยให้ผู้ป่วยหายได้เร็วขึ้น แต่ถ้ามาช้าการให้ยาปฏิชีวนะอาจมีประโยชน์ไม่มากนัก นอกจากการให้ยาปฏิชีวนะเพื่อกำจัดเชื้อแล้ว ยังจะต้องให้การรักษาประคับประคองระบบการทำงานของอวัยวะที่ล้มเหลว จนกว่าระบบต่าง ๆ เหล่านั้น จะฟื้นตัวเข้าสู่สภาวะปกติ ซึ่งจะใช้เวลามากน้อยต่างกันขึ้นอยู่กับความรุนแรงของโรค